月经干净两天后又出血，可能是以下原因引起：
1.子宫内膜修复不良：月经刚结束时，子宫内膜尚未完全修复，此时进行剧烈运动、性生活或使用卫生棉条等，可能导致子宫内膜再次脱落，引起出血。
2.排卵期出血：如果出血发生在两次月经中间，且出血量较少，可能是排卵期出血。这是由于排卵后雌激素水平下降，引起子宫内膜部分脱落所致。
3.妇科疾病：某些妇科疾病，如子宫肌瘤、子宫内膜息肉、宫颈炎等，也可能导致月经间期出血。
4.内分泌失调：如黄体功能不足、多囊卵巢综合征等，可引起月经周期紊乱，导致月经干净后再次出血。
5.其他因素：服用某些药物（如避孕药、抗抑郁药等）、节育环移位等，也可能导致这种情况。
如果出血量少、无腹痛等不适症状，可以先观察。但如果出血量较多、持续时间较长或伴有其他不适，如腹痛、白带异常等，应及时就医。医生一般会进行妇科检查、B超等检查，以明确病因，并给予相应的治疗。
此外，需要注意的是，对于有性生活的女性，还应排除怀孕相关的问题。如果近期有服用紧急避孕药，也可能出现撤退性出血。
总之，月经干净后又出血可能是多种原因引起的，需要引起重视。如果经常出现这种情况，建议及时就医，以便明确诊断并进行治疗。同时，应保持良好的生活习惯，注意个人卫生，避免过度劳累和精神紧张。