大便时肛门疼，可能是以下原因引起：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，多由便秘引起，典型症状为肛门疼痛、便血和便秘。肛门检查时可发现肛裂“三联征”，即肛裂、前哨痔和肛乳头肥大。
2.外痔：肛门缘皮肤皱襞突起，如水泡样，颜色青紫色，便后或下蹲时可变大，一般无明显症状，发生血栓及炎症时可有肿胀、疼痛。
3.内痔：通常无明显疼痛，当内痔或混合痔脱出嵌顿，出现水肿、感染、坏死时，可伴有肛门疼痛。
4.肛管及周围炎症：肛窦炎、肛乳头炎、肛周脓肿、肛瘘等均可引起肛门疼痛。
5.其他：肛门直肠神经官能症、耻骨直肠肌综合征等也可出现肛门疼痛。
此外，某些肠道疾病，如肠炎、肠易激综合征等，也可能导致肛门疼痛。如果大便时肛门疼痛持续不缓解或伴有其他症状，如便血、肿物脱出等，建议及时就医，明确病因，以便进行针对性治疗。
需要注意的是，孕妇、儿童、老年人及患有某些基础疾病的人群，肛门疼痛的原因可能较为复杂，需要特别关注。在就医时，应详细告知医生症状的特点、持续时间、加重或缓解因素等，以便医生进行准确的诊断和治疗。同时，保持肛门局部清洁，避免食用辛辣刺激性食物，有助于缓解疼痛症状。