大便时肛门疼可能由多种原因引起，以下是一些常见的病因：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，是一种常见的肛管疾病。典型表现为肛门疼痛、便秘和出血。肛裂引起的疼痛通常在排便时加剧，便后数分钟后可缓解。
2.痔疮：内痔或混合痔脱出、嵌顿，可导致肛门括约肌痉挛，进而引起疼痛。此外，外痔发生血栓形成或炎症时，也会出现肛门疼痛。
3.肛管或直肠损伤：如肛管或直肠内的异物损伤、手术或器械检查导致的损伤等，都可能引起肛门疼痛。
4.肛门周围感染：如肛窦炎、肛周脓肿等，感染可导致肛门局部红肿、疼痛，伴有发热等全身症状。
5.肛管或直肠肿瘤：肛管或直肠的良恶性肿瘤也可能引起肛门疼痛，通常还会伴有其他症状，如大便习惯改变、便血等。
6.其他：肛门部的皮肤病，如肛门湿疹、肛门瘙痒症等，也可能导致肛门疼痛。此外，一些全身性疾病，如克隆病、溃疡性结肠炎等，也可能累及肛门，引起疼痛。
如果大便时肛门疼痛持续不缓解或伴有其他症状，建议及时就医，进行详细的检查，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，保持肛门局部清洁，避免久坐、久蹲，保持大便通畅，有助于缓解症状。