药流第三天肚子疼通常会持续1-2小时，但具体时间因人而异。如果疼痛持续时间较长或伴有其他异常症状，应及时就医。
药流第三天，孕囊会排出体外，在此过程中，子宫会收缩以排出剩余的组织。这种收缩会引起肚子疼，通常类似于月经痛。但每个人对疼痛的敏感度不同，因此疼痛的程度和持续时间也会有所差异。
在药流后的几天内，还可能会出现阴道流血和下腹坠胀等不适。这些都是正常的药流后反应，但如果疼痛过于剧烈、出血量过多或持续时间过长，或者伴有发热、呕吐等异常症状，应考虑药流不全、感染或其他并发症的可能，需要及时就医。
此外，药流后需要注意以下事项：
观察出血情况：注意阴道流血量和颜色，如果出血量过多或持续时间过长，应及时就医。
注意休息：药流后应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动。
保持卫生：保持外阴清洁，勤换卫生巾，避免感染。
饮食调整：药流后应注意饮食调整，多吃富含蛋白质、维生素等营养物质的食物，避免辛辣、刺激性食物。
禁止性生活：药流后一个月内应禁止性生活，以免引起感染。
按时复查：药流后需要按时复查，了解子宫恢复情况和是否药流干净。
需要注意的是，药流有一定的失败率和风险，如药流不全、大出血、感染等。因此，药流应在医生的指导下进行，并严格遵守注意事项。如果对药流过程或药流后的身体反应有任何疑问或担忧，应及时咨询医生。此外，对于药流的适用人群也有一定要求，如怀孕时间、身体健康状况等。在决定药流前，应进行全面的身体检查和咨询，以确保药流的安全性和有效性。如果存在药流的禁忌证，如宫外孕、心血管疾病等，应选择其他合适的终止妊娠方法。
总之，药流第三天肚子疼是正常的，但如果疼痛持续时间较长或伴有其他异常症状，应及时就医。药流后需要注意休息、保持卫生、饮食调整等，并按时复查。同时，应遵循医生的建议，确保药流的安全和有效。