药流第三天肚子疼的原因可能包括子宫收缩、流产不全以及宫腔感染。
一、子宫收缩。药流后子宫会通过收缩来促使宫腔内的淤血和残留物排出，在这个过程中会出现轻微的肚子疼痛症状，这属于正常现象。这种疼痛一般会持续3至10天左右，多数情况下在一周左右腹痛症状会逐渐减轻并消失。可以服用益母草颗粒来促进子宫收缩进行观察。
1.子宫收缩的作用：帮助排出宫腔内的淤血和残留物。
2.疼痛表现：轻微肚子疼。
3.持续时间：通常持续3-10天，一周左右多会减轻消失。
4.应对措施：服用益母草颗粒。
二、流产不全。如果药流第三天肚子疼得很严重，同时伴有阴道大量出血等症状，就很可能与流产不全有关。此时需要去医院做B超检查。如果是较小的残留物，建议服用益母草颗粒、新生化颗粒或使用缩宫素来促使宫内的残留物排出；而如果残留物比较大，则建议进行清宫手术处理。
1.流产不全的症状：严重腹痛、阴道大量出血。
2.检查方式：B超检查。
3.处理方法：小残留物可用药，大残留物需清宫。
三、宫腔感染。药流后如果护理不当，导致宫腔出现炎症感染情况，也会出现药流后肚子疼的症状，同时还会伴有阴道出血增多、淋漓不尽以及腰酸痛不适等表现。可以服用左氧氟沙星、甲硝唑、阿莫西林等药物进行抗炎治疗。
1.宫腔感染的引发原因：护理不当。
2.伴随症状：阴道出血增多、淋漓不尽、腰酸痛不适。
3.治疗药物：左氧氟沙星、甲硝唑、阿莫西林等。
总之，药流第三天肚子疼有多种可能的原因，需要根据具体症状进行分析和处理，必要时应及时就医，以便明确原因并采取合适的治疗措施。