怀孕三个月下面流褐色东西，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕三个月时，胎儿发育尚不稳定，如果孕妇过度劳累、性生活频繁、精神压力过大或存在其他导致子宫收缩的因素，可能会引起先兆流产，导致阴道流褐色分泌物。此时需要及时就医，进行超声检查、血人绒毛膜促性腺激素（hCG）和孕酮检测等，以明确诊断。如果确诊为先兆流产，需要注意休息，避免劳累和性生活，在医生的指导下使用黄体酮、地屈孕酮等保胎药物进行治疗。
2.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈管黏膜局部增生形成的赘生物，质地脆弱，容易破裂出血，导致阴道流褐色分泌物。孕妇可同时伴有白带增多、腰骶部疼痛等症状。对于宫颈息肉，通常需要进行手术治疗，如息肉摘除术。
3.前置胎盘：前置胎盘是指胎盘下缘达到或覆盖宫颈内口，妊娠晚期或临产时，前置胎盘附着处的子宫下段组织不能相应伸展，容易发生剥离而引起出血，导致孕妇出现阴道流褐色分泌物或阴道流血。孕妇还可能伴有腹痛、腹部发硬等症状。超声检查是诊断前置胎盘的主要方法。确诊前置胎盘后，孕妇需要绝对卧床休息，避免一切刺激，纠正贫血，并根据出血情况、孕周等因素，决定是否终止妊娠。
4.其他：怀孕三个月时下面流褐色东西，还可能与胎盘早剥、胎膜早破等因素有关。
总之，怀孕三个月时下面流褐色东西是一种异常情况，需要引起重视。孕妇应及时就医，进行相关检查，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，孕妇应注意休息，避免劳累和性生活，保持心情愉悦，按时进行产前检查。