月经干净两天后同房出血可能是以下原因导致的：
1.子宫内膜尚未完全修复：月经刚结束时，子宫内膜可能尚未完全修复，此时同房可能导致尚未愈合的血管再次破裂，引起出血。
2.妇科疾病：某些妇科疾病，如宫颈炎、宫颈息肉、子宫肌瘤等，也可能导致同房后出血。这些疾病可能会导致宫颈或子宫内膜的血管破裂，引起出血。
3.内分泌失调：内分泌失调可能导致激素水平不稳定，从而影响子宫内膜的正常生长和脱落，导致月经干净后同房出血。
4.其他因素：同房时动作过于激烈、使用某些避孕工具或患有阴道炎等也可能导致月经干净两天后同房出血。
需要注意的是，某些严重的疾病，如宫颈癌，也可能导致同房后出血。因此，如果出现月经干净两天后同房出血的情况，尤其是出血量较多、持续时间较长或伴有其他不适症状时，应及时就医，进行详细的检查和诊断，以确定出血的原因，并采取相应的治疗措施。