头痛首先需要鉴别是原发性头痛还是继发性头痛。原发性头痛是比较常见的，常见的疾病有神经性头痛，比如神经官能症性头痛、紧张性头痛，还可以见于偏头痛、血管性头痛，一般都有家族的遗传病史。
丛集性头痛的表现是男性患者居多，发病较晚。头部外伤以后的头痛，多在一侧，还可以伴有受伤一侧的触痛等。器质性头痛是突然发生的头痛，伴有剧烈的恶心、呕吐，甚至意识障碍、肢体活动不灵，常见于脑出血、蛛网膜下腔出血。
另外，还要根据有没有发烧、恶心、呕吐，可以见于脑炎脑膜炎、结核性脑膜炎，还可以见于颅内肿瘤占位等。需要根据头痛持续的时间、性质，有没有发烧、恶心、呕吐，结合患者的头部CT检查、血常规，必要的时候还要查脑脊液的检查鉴别诊断。