如果三个月没来月经且没有怀孕，可能是由以下原因引起的：
1.多囊卵巢综合征：这是一种常见的内分泌紊乱疾病，会导致雄激素水平升高、排卵障碍和月经不规律。
2.高泌乳素血症：泌乳素水平升高会抑制排卵，导致月经延迟或闭经。
3.卵巢早衰：卵巢功能随着年龄的增长而下降，可能导致卵巢早衰，使月经提前结束或不来。
4.其他因素：如甲状腺功能减退、肾上腺皮质功能亢进、过度减肥、压力过大、长期服用某些药物等，也可能影响月经。
对于这种情况，建议及时就医，进行详细的检查和诊断。医生通常会进行以下检查：
1.激素测定：通过检测血液中的激素水平，了解内分泌系统的功能。
2.B超检查：观察卵巢和子宫的情况，排除结构性问题。
3.其他检查：根据具体情况，可能还需要进行甲状腺功能检查、肾上腺功能检查等。
治疗方法将根据病因进行选择。以下是一些常见的治疗措施：
1.针对多囊卵巢综合征：通常采用药物治疗，如口服避孕药、二甲双胍等，以调节激素水平和促进排卵。
2.高泌乳素血症：可以通过药物降低泌乳素水平，如溴隐亭。
3.卵巢早衰：激素替代治疗是常用的方法，以缓解症状和维持身体健康。
4.调整生活方式：保持健康的饮食、适量的运动、减少压力等，对恢复月经有一定帮助。
需要注意的是，每个人的情况都不同，治疗方案应根据个体情况制定。同时，如果有生育需求，医生可能会建议采取辅助生殖技术。
此外，对于青春期少女和更年期女性，如果出现月经异常，也应及时就医。青春期少女可能存在发育问题，而更年期女性可能面临绝经前后的激素变化。
总之，三个月没来月经且没有怀孕是一个需要重视的问题，及时就医并进行适当的检查和治疗是很重要的。同时，保持良好的生活习惯和心态，对月经的恢复也有积极的影响。