三个月宝宝频繁揉眼睛，可能是由多种原因引起的，以下是一些可能的治疗方法：
1.保持眼部清洁：使用温水或生理盐水轻轻擦拭宝宝的眼睛，去除眼部分泌物，避免感染。
2.调整环境：确保宝宝所处的环境舒适，空气流通，避免烟雾、灰尘等刺激物。调节室内温度和湿度，以减少眼部不适。
3.避免过度刺激：减少宝宝看手机、电视等电子设备的时间，避免强光刺激。
4.检查眼部：观察宝宝的眼睛是否有红肿、分泌物增多等异常情况。如有需要，及时就医，由医生进行详细的眼部检查。
5.医生建议：医生可能会根据具体情况给予以下建议：
使用人工泪液：如果宝宝的眼睛干涩，可以使用医生推荐的人工泪液来缓解症状。
治疗过敏：如果宝宝是过敏体质，可能需要使用抗过敏药物来治疗眼部过敏症状。
治疗感染：如果眼部感染是导致揉眼睛的原因，医生可能会开具抗生素眼药水或眼膏进行治疗。
6.注意手部卫生：经常给宝宝洗手，以防止宝宝用手揉眼睛时将细菌带入眼中。
7.观察症状变化：密切观察宝宝揉眼睛的频率和症状的变化。如果症状持续加重或出现其他异常，应及时复诊。
需要注意的是，对于三个月大的宝宝，任何治疗方法都应该在医生的指导下进行。如果宝宝频繁揉眼睛的情况持续较长时间或伴随其他症状，如哭闹、眼屎增多、眼睛发红等，应及时就医，以便确定具体原因并采取适当的治疗措施。同时，保持宝宝的眼部清洁和舒适，以及注意个人卫生，对于预防眼部问题的发生也非常重要。