三个月宝宝揉眼睛可能是由以下原因引起的：
1.倒睫：（1）有些宝宝的睫毛会向内生长，刺激眼球，导致眼睛不适，从而出现揉眼睛的现象。（2）通常在下眼睑，睫毛会接触到眼球，引起流泪、眼红、眨眼、揉眼等症状。
2.湿疹：（1）宝宝的面部、头皮、眉毛等部位可能会出现湿疹，（2）湿疹会导致皮肤瘙痒，宝宝会通过揉眼睛来缓解瘙痒。
3.异物：（1）空气中的灰尘、毛发、纤维等异物可能会进入宝宝的眼睛，（2）引起眼睛不适，导致宝宝揉眼睛。
4.感染：（1）宝宝的手部经常接触外界，容易感染细菌或病毒，（2）如果宝宝的手部没有及时清洁，再揉眼睛，就可能会导致眼睛感染，出现结膜炎、角膜炎等症状。
5.过敏：（1）宝宝对空气中的花粉、尘螨、动物毛发等过敏，（2）也可能会出现揉眼睛的症状。
6.其他：（1）宝宝感到困倦、无聊时，也可能会通过揉眼睛来打发时间。（2）此外，一些先天性疾病，如先天性青光眼、先天性白内障等，也可能会导致宝宝揉眼睛。
如果宝宝经常揉眼睛，或者揉眼睛的同时伴有其他症状，如眼红、分泌物增多、流泪等，家长应及时带宝宝就医，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，家长应注意保持宝宝的手部清洁，避免宝宝接触过敏原，给宝宝营造一个舒适、干净的环境。