三个月宝宝频繁揉眼睛，可能是由以下原因引起：
1.过敏：宝宝的眼睛可能对空气中的花粉、灰尘、毛发等过敏，导致眼睛瘙痒，从而频繁揉眼睛。
2.感染：宝宝的眼睛可能感染了细菌、病毒或其他微生物，引起结膜炎、角膜炎等炎症，导致眼睛疼痛、红肿、分泌物增多，从而使宝宝频繁揉眼睛。
3.倒睫：宝宝的睫毛可能向内生长，刺激角膜和结膜，导致眼睛不适，从而使宝宝频繁揉眼睛。
4.干眼症：宝宝的眼睛可能因为泪液分泌不足或泪液质量下降，导致眼睛干燥、不适，从而使宝宝频繁揉眼睛。
5.其他：宝宝的眼睛可能受到外界刺激，如强光、烟雾等，也可能导致眼睛不适，从而使宝宝频繁揉眼睛。
如果宝宝频繁揉眼睛，家长应及时带宝宝就医，进行详细的眼部检查，以确定病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，家长应注意保持宝宝的眼部清洁，避免宝宝用手揉眼睛，以免加重感染。
此外，如果宝宝是过敏体质，家长应注意避免宝宝接触过敏原，如花粉、宠物毛发等。如果宝宝是感染引起的眼部炎症，家长应注意保持宝宝眼部的清洁，避免交叉感染。如果宝宝是倒睫，家长应及时带宝宝就医，在医生的指导下进行治疗。如果宝宝是干眼症，家长应注意给宝宝补充足够的水分，避免长时间使用电子设备。