肛门擦不干净内裤有屎，可能与以下原因有关。
1.肛肠疾病
（1）痔疮：内痔或混合痔通常不会有疼痛，但其痔核较大时可在排便时脱出肛门，便后有时不能及时回纳，导致肛门有分泌物，从而使内裤变脏。
（2）肛瘘：肛管或直肠与肛周皮肤相通的肉芽肿性管道可出现肛瘘，外口会有脓性、血性或黏液性分泌物排出，导致内裤不干净。
（3）肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开后形成的小溃疡会引起肛裂，裂口深大会导致肛门闭合不严，肠液外溢，使内裤有粪便痕迹。
2.肛管或直肠肿瘤
肛管或直肠的良恶性肿瘤会导致肛管或直肠腔变窄，排便时粪便不易通过，会残留一些在肛管或直肠内，有时会从肛门排出，导致内裤有屎。
3.神经系统病变
（1）脊髓栓系综合征：是由于各种先天或后天原因导致脊髓圆锥受牵拉，产生一系列神经功能障碍和畸形的综合征。患者会出现肛门失禁，导致大便不能控制，内裤经常弄脏。
（2）大脑性瘫痪：常伴有智力障碍、癫痫、行为异常等，可能会导致肛门括约肌功能障碍，出现大便失禁。
4.其他
（1）年老体弱：老年人肛门括约肌松弛，也会出现肛门擦不干净内裤有屎的情况。
（2）肛门湿疹：肛门周围皮肤的炎症会导致皮肤分泌物增多，使内裤变脏。
（3）饮食因素：如果吃了过多辛辣、油腻的食物，可能会导致大便性状改变，变得更稀，更容易粘在肛门上，导致擦不干净。
总之，肛门擦不干净内裤有屎可能是肛肠疾病、神经系统病变等原因引起的，也可能是其他因素导致。如果这种情况持续存在，建议及时就医，进行相关检查，如肛门指诊、肛门镜、结肠镜等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。