月经过后小肚子疼可能由多种原因引起。一般来说，约10%-15%的女性会在月经后出现小肚子疼的情况。
生理性原因
排卵期腹痛：部分女性在月经过后进入排卵期，由于卵泡破裂，可能会出现轻微的下腹部疼痛，一般疼痛较轻微，持续数小时至1-2天可自行缓解。这是因为卵泡破裂时少量卵泡液及血细胞等流入盆腔，刺激腹膜引起疼痛。子宫收缩：月经刚结束时，子宫可能还会有一定程度的收缩，以恢复到正常大小，这种收缩可能会引起轻微的小肚子疼痛，通常不剧烈，多数人可耐受。
病理性原因
盆腔炎：如果女性本身有盆腔炎病史，月经过后身体抵抗力相对较低，容易导致盆腔炎复发或加重，出现下腹部疼痛，疼痛可能为持续性，还可能伴有阴道分泌物增多、异味等症状。盆腔炎多由细菌感染引起，如衣原体、淋病奈瑟菌等感染。子宫内膜异位症：子宫内膜异位症患者，异位的子宫内膜可能在盆腔等部位，月经过后也可能出现小肚子疼痛，疼痛程度因人而异，有的较轻微，有的较为剧烈，还可能伴有痛经进行性加重、不孕等情况。异位的子宫内膜会随月经周期出血，刺激周围组织引起疼痛。子宫肌瘤：较大的子宫肌瘤可能会导致月经过后小肚子疼。子宫肌瘤是子宫平滑肌组织增生形成的良性肿瘤，当肌瘤压迫周围组织或发生变性时，就可能出现下腹部疼痛等症状，还可能伴有月经改变、白带增多等表现。
其他原因
肠道问题：如肠炎等肠道疾病，也可能导致小肚子疼，但需要注意疼痛与月经的关系。如果月经过后恰好出现肠道感染等情况，也会引起小肚子疼痛，可能还伴有腹泻、大便性状改变等症状。比如吃了不洁食物后引起肠炎，就可能出现腹痛、腹泻等表现。泌尿系统问题：泌尿系统的结石等疾病也可能引起下腹部疼痛，需要与妇科疾病导致的腹痛相鉴别。例如输尿管结石，疼痛可能较为剧烈，呈绞痛样，还可能伴有尿频、尿急、尿痛及血尿等症状。