月经过后小肚子痛、腰疼，可能是以下原因引起：
1.排卵期腹痛：如果在两次月经中间，即排卵期，出现小肚子痛、腰疼，可能是排卵期腹痛。这是由于排卵后，卵泡液对腹膜的刺激引起的，一般持续几个小时，少数人可持续2-3天。这种腹痛是正常的，不需要特殊处理。
2.盆腔炎：如果月经过后，小肚子痛、腰疼，同时伴有白带增多、发黄、异味等，可能是盆腔炎引起的。盆腔炎是女性上生殖道感染引起的一组疾病，包括子宫内膜炎、输卵管炎、输卵管卵巢脓肿和盆腔腹膜炎。主要病原体有淋病奈瑟菌、沙眼衣原体、支原体等。治疗盆腔炎主要是使用抗生素，如头孢曲松钠、甲硝唑等。同时，还可以配合物理治疗、中药灌肠等方法。
3.子宫内膜异位症：如果月经过后，小肚子痛、腰疼，进行性加重，且疼痛在月经来潮前1-2天开始，月经结束后逐渐缓解，可能是子宫内膜异位症引起的。子宫内膜异位症是指具有生长功能的子宫内膜组织，出现在子宫腔被覆黏膜以外的身体其他部位。治疗子宫内膜异位症主要是使用药物，如避孕药、孕激素、GnRH-a等，也可以选择手术治疗。
4.子宫腺肌病：如果月经过后，小肚子痛、腰疼，且进行性加重，同时伴有月经量增多、经期延长等，可能是子宫腺肌病引起的。子宫腺肌病是指子宫内膜腺体和间质侵入子宫肌层，多发生于30-50岁经产妇。治疗子宫腺肌病主要是使用药物，如避孕药、孕激素、GnRH-a等，也可以选择手术治疗或介入治疗。
5.其他：如果月经过后，小肚子痛、腰疼，还可能是其他原因引起的，如子宫肌瘤、宫颈炎、宫颈癌等。
总之，如果月经过后，小肚子痛、腰疼，持续时间较长或伴有其他不适症状，应及时就医，明确病因，以便进行针对性治疗。