急性化脓性扁桃体炎多由细菌感染引起，尤其是A组乙型溶血性链球菌。治疗常用抗生素，一般来说，青霉素类药物是首选，比如青霉素G，多数患者使用后24-48小时内症状会有改善。
抗生素类药物选择
青霉素类： 青霉素G是常用药物，通过抑制细菌细胞壁合成发挥杀菌作用。如果患者对青霉素不过敏，可首选青霉素类药物，它对链球菌等感染效果较好。头孢菌素类： 头孢唑林等第一代头孢菌素也可用于治疗急性化脓性扁桃体炎，对革兰阳性菌有较好的抗菌活性，能有效杀灭引起扁桃体炎的细菌。
对症治疗药物
解热镇痛药： 当患者有发热、咽痛较剧烈时，可使用对乙酰氨基酚，它能起到解热镇痛的作用，一般成人每次服用0.3 - 0.6克，间隔4 - 6小时可重复用药，24小时内不超过4克；儿童则根据体重按剂量服用，能缓解发热和咽痛症状。糖皮质激素： 对于病情较重、有高热等全身症状的患者，可短期使用糖皮质激素，如地塞米松。但需要严格掌握适应证和剂量，地塞米松一般静脉给药，剂量需根据患者具体情况由医生调整，能迅速减轻炎症反应，缓解症状。
局部用药辅助
含漱液： 可用复方硼砂溶液含漱，能清洁口腔、杀菌消炎，减轻局部炎症，每次含漱时让液体在口腔内停留一段时间，每天可多次含漱。含片： 如碘喉片，含服后可直接作用于扁桃体局部，起到杀菌、收敛、消炎的作用，缓解咽痛等不适症状，每次含服1片，每天可含服数次。
特殊人群用药注意
儿童患者： 儿童使用抗生素时需根据体重精确计算剂量，比如青霉素类药物，要严格遵循儿科用药标准，避免剂量过大或过小影响疗效和产生不良反应。同时，儿童使用解热镇痛药时，要选择适合儿童剂型的药物，如对乙酰氨基酚儿童混悬液等，并严格按照说明书的儿童剂量服用。孕妇患者： 孕妇患急性化脓性扁桃体炎时，用药需格外谨慎。抗生素的选择要考虑对胎儿的影响，尽量选择对胎儿影响较小的药物，如青霉素类，在医生评估后使用，解热镇痛药的使用也需在医生指导下进行，避免使用可能对胎儿有不良影响的药物。