甲状腺功能低下是由于甲状腺激素分泌不足或甲状腺激素作用缺陷所导致的一种全身低代谢综合征，其发病原因主要包括以下几个方面：
1.原发性甲状腺功能减退：
自身免疫性损伤：最常见的原因，包括桥本甲状腺炎、萎缩性甲状腺炎等。
甲状腺破坏：包括手术、放射性碘治疗等。
碘过量：碘摄入过量可导致甲状腺自身抗体产生，从而引起甲状腺功能减退。
基因突变：某些基因突变可导致甲状腺激素合成或分泌障碍。
2.继发性甲状腺功能减退：
下丘脑或垂体病变：如垂体瘤、下丘脑病变等，可导致促甲状腺激素释放激素或促甲状腺激素分泌不足，从而引起甲状腺功能减退。
3.甲状腺激素抵抗综合征：
全身性疾病：如系统性红斑狼疮、类风湿关节炎等，可导致甲状腺激素抵抗，从而引起甲状腺功能减退。
基因突变：某些基因突变可导致甲状腺激素受体或相关蛋白功能异常，从而引起甲状腺激素抵抗。
4.其他：
缺碘：长期缺碘可导致甲状腺激素合成不足，从而引起甲状腺功能减退。
药物：某些药物，如锂剂、磺胺类、对氨基水杨酸等，可影响甲状腺激素的合成、释放或代谢，从而引起甲状腺功能减退。
胎儿和新生儿期甲状腺功能减退：
母亲因素：母亲在孕期患有自身免疫性疾病、使用抗甲状腺药物、接受放射性碘治疗等，可导致胎儿或新生儿甲状腺功能减退。
胎儿或新生儿因素：胎儿或新生儿甲状腺发育异常、甲状腺激素合成障碍等，可导致甲状腺功能减退。
总之，甲状腺功能低下的发病原因较为复杂，可能与自身免疫、甲状腺破坏、碘过量、基因突变等多种因素有关。对于甲状腺功能低下的患者，应及时就医，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。