三个月宝宝睡觉老是摇头可能是正常的生理现象，也可能是由疾病引起的。以下是一些可能的原因和建议：
可能是正常的生理现象：
宝宝的神经系统尚未完全发育成熟，可能会出现一些不自主动作，包括摇头。
宝宝可能在睡觉时感到热或不舒服，摇头可以帮助他们散热或调整姿势。
如果宝宝除了摇头，没有其他异常表现，生长发育正常，通常不需要特殊处理。家长可以注意保持宝宝的舒适，调整睡眠环境的温度和湿度，避免过度包裹。
可能是疾病引起的：
皮肤问题：湿疹、痱子等皮肤疾病可能导致宝宝头皮瘙痒，引起摇头。
耳部感染：中耳炎等耳部感染可能引起耳部疼痛，导致宝宝摇头。
维生素D缺乏：维生素D缺乏可能导致宝宝神经兴奋性增高，出现多汗、摇头等症状。
其他：过敏、呼吸道感染等也可能引起宝宝不适，导致摇头。
如果宝宝除了摇头，还伴有哭闹、烦躁、睡眠不安、多汗、夜惊等症状，或者摇头频繁、持续时间较长，建议及时就医。医生会进行详细的体格检查和必要的实验室检查，以确定具体原因，并给予相应的治疗。
在治疗期间，家长需要注意以下几点：
保持宝宝皮肤清洁干燥，避免过度摩擦头皮。
及时清理宝宝的耳屎，避免耵聍栓塞。
按照医生的建议给宝宝补充维生素D和钙剂。
注意宝宝的饮食均衡，避免食用过敏食物。
需要注意的是，每个宝宝的情况可能不同，如果对宝宝的睡眠问题有任何疑虑，最好咨询医生的意见。此外，家长应该密切观察宝宝的情况，如有异常应及时就医。