宝宝三个月，睡觉老摇头，可能是以下原因引起：
1.生理原因：宝宝的神经系统尚未完全发育成熟，可能会出现摇头、手抖等无意识的动作。此外，宝宝的头部温度较高，睡觉时可能会通过摇头来散热。
2.环境因素：宝宝睡觉时所处的环境温度过高、过低，或者空气不流通，也可能导致宝宝摇头。
3.皮肤问题：宝宝的头皮可能会出现湿疹、痱子等皮肤问题，导致瘙痒，从而引起摇头。
4.耳部问题：宝宝的耳部可能会出现感染、耳屎过多等问题，影响听力和平衡，从而导致摇头。
5.缺钙：宝宝缺钙时，可能会出现多汗、烦躁、摇头等症状。
需要注意的是，如果宝宝除了睡觉摇头外，还伴有哭闹、夜惊、睡眠不安等症状，或者摇头的情况持续时间较长，建议及时带宝宝就医，以排除其他潜在的健康问题。同时，家长在宝宝睡觉时，应保持环境舒适，温度适宜，并注意观察宝宝的情况，如有异常及时处理。此外，及时给宝宝补充维生素D和钙剂，也有助于预防缺钙引起的摇头。