治疗毛囊炎并没有最好的药物，需要根据具体情况选择合适的药物。以下是一些常用的治疗药物：
1.外用药物：
抗生素类：如莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏等，用于治疗轻度毛囊炎。
抗真菌类：如酮康唑乳膏、克霉唑乳膏等，适用于真菌感染引起的毛囊炎。
角质促成剂：如5%~10%硫磺软膏、3%水杨酸软膏等，可以帮助改善症状。
2.口服药物：
抗生素：对于严重的毛囊炎或外用药物无效时，可口服抗生素，如头孢呋辛酯、多西环素等。
抗真菌药物：如伊曲康唑、氟康唑等，用于治疗真菌性毛囊炎。
调节免疫功能药物：对于反复发作的毛囊炎，可使用免疫调节剂，如转移因子、胸腺肽等。
3.其他治疗方法：
光疗：如紫外线照射，可用于治疗毛囊炎。
手术治疗：对于较大的脓肿，可进行切开引流。
需要注意的是，在使用药物治疗毛囊炎时，应遵循医生的建议，按照说明书的剂量和使用方法进行使用。同时，要注意个人卫生，保持皮肤清洁，避免搔抓和挤压患处，以免加重感染。此外，还应注意饮食清淡，避免辛辣刺激性食物，多吃蔬菜水果，保持良好的生活习惯和充足的睡眠。
对于特殊人群，如孕妇、哺乳期妇女、儿童等，使用药物需要更加谨慎，应在医生的指导下进行。如果毛囊炎症状持续不缓解或加重，应及时就医，以便调整治疗方案。