治疗脑血栓的药物主要有以下几类。一般来说，常用的有溶栓药物、抗血小板聚集药物和神经保护类药物等。
溶栓药物
重组组织型纤溶酶原激活剂（rt-PA）： 是目前较为常用的溶栓药物之一，需在发病4.5小时内使用，能通过激活体内纤溶酶原，溶解血栓，恢复脑部血流，但使用时有严格的时间窗限制和出血等风险需评估。尿激酶： 也可用于溶栓治疗，一般在发病6小时内有应用机会，通过激活纤溶酶原发挥溶栓作用，不过同样要注意出血等并发症的发生。
抗血小板聚集药物
阿司匹林： 是应用较广泛的抗血小板药物，通过抑制血小板的环氧化酶，减少血栓素A2的生成，从而抑制血小板聚集，一般建议急性期后长期小剂量服用来预防脑血栓复发，但有胃肠道出血等风险，有胃溃疡等病史的患者需谨慎。氯吡格雷： 对于不能耐受阿司匹林的患者可选用，它通过抑制血小板表面的ADP受体，发挥抗血小板聚集作用，其抗血小板作用相对持久，但也可能有出血等不良反应。
神经保护类药物
依达拉奉： 具有清除自由基、减轻神经细胞损伤的作用，可用于脑血栓的治疗，能在一定程度上改善患者的神经功能预后，一般通过静脉给药，使用过程中要注意监测肾功能等指标。胞磷胆碱钠： 可以改善脑部代谢，促进神经功能恢复，有助于受损神经细胞的修复和功能重建，常用于脑血栓患者的辅助治疗，一般有口服制剂和注射制剂等不同剂型。
改善脑循环药物
丁苯酞： 能改善脑缺血区的微循环和血流量，促进脑血管新生，从而改善神经功能缺损症状，对于急性缺血性脑卒中患者有一定的治疗作用，一般需要在发病早期使用，有一定的用药禁忌和不良反应需要关注。银杏叶制剂： 具有活血化瘀、改善脑循环的作用，可通过扩张脑血管、增加脑血流量来发挥功效，有口服的片剂、胶囊等剂型，也有注射制剂，不过在使用时要注意药物相互作用等情况。