同房时小肚子胀疼可能是盆腔炎、子宫内膜异位症、性交不当等原因所致，可以通过就医、药物、手术等方式进行治疗，建议及时就医。具体分析如下：
1.盆腔炎：女性上生殖道及其周围组织的炎症，主要包括子宫内膜炎、输卵管炎、输卵管卵巢脓肿、盆腔腹膜炎。炎症可局限于一个部位，也可同时累及几个部位，最常见的是输卵管炎、输卵管卵巢炎。主要症状为下腹痛、阴道分泌物增多，腹痛为持续性，活动或性交后加重。若病情严重可有寒战、高热、头痛、食欲缺乏。月经期发病可出现经量增多、经期延长。建议及时就医，在医生的指导下使用抗生素进行治疗，如头孢曲松钠、甲硝唑等。
2.子宫内膜异位症：具有生长功能的子宫内膜组织出现在子宫腔被覆黏膜以外的其他部位时，称为子宫内膜异位症。可侵犯全身任何部位，多发生于生育年龄的女性，青春期前不发病，绝经后异位病灶可逐渐萎缩退化。主要症状为痛经、性交痛、月经异常、不孕等。建议及时就医，根据病情的严重程度，在医生的指导下选择药物治疗、手术治疗等方式进行治疗。
3.性交不当：如果在性生活中动作过于粗暴，或者性生活时间过长，可能会导致女性腹部受到刺激，从而引起小肚子胀疼。此外，如果性生活时体位不当，也可能会导致腹部肌肉紧张，引起小肚子胀疼。建议在性生活时动作轻柔，避免过度刺激，同时注意性生活卫生。
患者在治疗期间需要注意个人卫生，保持外阴清洁，避免食用辛辣、刺激性食物，如辣椒、花椒、生姜等。可适当食用一些富含蛋白质、维生素的食物，如鸡蛋、牛奶、苹果、香蕉等。