三个月宝宝咳嗽，可采取以下措施进行治疗。
1.保持空气湿润：使用加湿器增加空气湿度，有助于缓解咳嗽。
2.补充水分：多喝水可以帮助稀释痰液，缓解咳嗽。
3.拍背排痰：让宝宝侧卧，家长五指微曲成半环状，即空心拳，然后轻轻拍打宝宝的背部，由上而下，由外向内，依次进行。拍背时，手掌要稍微弯曲，有节奏地拍打，不要太用力，以免损伤宝宝的皮肤。每次拍3~5分钟，每天拍2~3次。
4.调整体位：如果宝宝咳嗽时，可以将其抱起，轻轻拍打背部，帮助痰液咳出。如果宝宝咳嗽严重，应及时就医。
5.药物治疗：如果宝宝咳嗽严重，影响睡眠和进食，或者咳嗽持续时间较长，应及时就医。医生会根据宝宝的具体情况，给予相应的治疗，如止咳药、祛痰药等。
6.就医治疗：如果宝宝咳嗽伴有发热、呼吸急促、喘息等症状，应及时就医。医生会进行详细的检查，如血常规、胸片等，以确定咳嗽的原因，并给予相应的治疗。
需要注意的是，三个月的宝宝身体抵抗力较弱，咳嗽可能是多种疾病的表现，如感冒、肺炎等。因此，如果宝宝咳嗽持续时间较长或伴有其他症状，应及时就医，以便明确诊断，采取相应的治疗措施。同时，在治疗过程中，应注意保持宝宝的饮食清淡，多喝水，多休息，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物。