三个月宝宝咳嗽，可能是正常的生理现象，也可能是疾病引起的。如果咳嗽不严重，没有其他不适症状，可以先观察，多喝水，保持室内空气湿润。如果咳嗽严重，或者伴有其他症状，如发热、喘息、呼吸急促等，应及时就医，以下是一些治疗方法：
1.保持空气湿润：可以使用加湿器增加空气湿度，有助于缓解咳嗽。
2.拍背：让宝宝侧卧或抱起侧卧，家长五指微曲成半环状，即空心拳，然后轻轻拍打宝宝的背部，两侧交替进行，拍击力量不宜过大，由上而下，从外向内，依次进行。每侧拍3~5分钟，每天拍2~3次。
3.调整饮食：如果是母乳喂养的宝宝，妈妈应注意饮食清淡，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物。如果是配方奶喂养的宝宝，可以适当减少奶量，增加喂水次数。
4.药物治疗：如果咳嗽严重，影响宝宝睡眠和进食，或者是由细菌、病毒等感染引起的咳嗽，需要在医生的指导下使用药物治疗，如止咳药、抗生素等。
5.就医治疗：如果宝宝咳嗽持续时间较长，或者出现其他异常症状，如呼吸急促、喘息、发热等，应及时就医，进行相关检查和治疗。
需要注意的是，三个月的宝宝身体各器官尚未发育成熟，用药需谨慎，应在医生的指导下使用。同时，要密切观察宝宝的病情变化，如有异常应及时就医。