一般来说，月经干净两天同房不会怀孕。
月经周期正常的女性，排卵日一般在下次月经来潮前的14天左右。排卵日的前5天和后4天，连同排卵日在内共10天称为排卵期。卵子自卵巢排出后在输卵管内能生存1～2天，以等待受精；男子的精子在女子的生殖道内可维持2～3天受精能力，故在卵子排出的前后几天里性交容易受孕。月经刚结束时，女性子宫内膜尚未完全修复，子宫内膜仍有创面，且各个系统的免疫力下降，此时同房，容易将细菌带入体内，引起子宫内膜炎、盆腔炎等妇科疾病，甚至可能会导致抗精子抗体的产生，从而引起免疫性不孕。因此，月经干净两天属于安全期，同房怀孕的几率较小。
需要注意的是，安全期并非绝对安全，因为排卵可能会受到情绪、环境等因素的影响而提前或推迟。如果没有备孕计划，建议在同房时采取有效的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药等，以避免意外怀孕。此外，还要注意个人卫生，保持外阴清洁，预防感染。如果出现月经异常、腹痛、白带异常等症状，应及时就医，以便早发现、早治疗。