嘴巴溃疡的原因有多种，比如约20%~30%的口腔溃疡与遗传因素有关，若父母双方都有复发性口腔溃疡，子女发病率可高达60%~70%。
一、营养缺乏相关原因
维生素缺乏： 当人体缺乏维生素B₂、维生素B₁₂、叶酸等维生素时，容易引发嘴巴溃疡。比如长期挑食、偏食的人，很可能摄入维生素不足，进而增加患口腔溃疡的几率。一般成年人每天需要摄入维生素B₂约1.2~1.5毫克，维生素B₁₂约2.4微克等。微量元素缺乏： 锌、铁等微量元素的缺乏也与嘴巴溃疡有关。例如锌元素参与人体多种酶的合成和代谢，当体内锌含量过低时，会影响细胞的正常分裂和修复，从而容易导致口腔溃疡发生。有研究显示，约40%的口腔溃疡患者存在锌缺乏的情况。
二、免疫系统因素
自身免疫反应异常： 当人体免疫系统出现紊乱时，会错误地攻击自身组织，口腔黏膜就可能成为攻击目标，引发口腔溃疡。比如患有白塞病的患者，除了嘴巴溃疡外，还可能出现眼部、生殖器等部位的病变，这就是免疫系统异常导致的多部位受损。免疫力低下： 当人体免疫力低下时，如患有艾滋病、长期服用免疫抑制剂等情况，口腔容易受到病原体侵袭，进而引发溃疡。例如艾滋病患者由于免疫系统被严重破坏，口腔溃疡的发生率会明显增高，而且往往难以愈合。
三、局部创伤因素
咬伤或擦伤： 不小心咬伤口腔黏膜，或者进食时被粗糙食物擦伤，都可能导致嘴巴溃疡。比如吃饭时说话、狼吞虎咽等情况，就容易造成口腔黏膜的损伤，从而形成溃疡。这种创伤性溃疡一般在1~2周内可能会自行愈合，但如果创伤持续存在，溃疡可能会长期不愈。牙齿刺激： 不合适的假牙、锐利的牙尖等都会反复刺激口腔黏膜，引起溃疡。例如假牙佩戴不合适，长期摩擦口腔黏膜，就会导致局部反复溃疡；牙齿有锐利的边缘，经常刮擦舌头、颊黏膜等部位，也会引发溃疡。