HPV16阳性的治疗需要根据具体情况来定。一般来说，多数HPV16阳性的患者可以通过自身免疫力清除病毒，但也有少部分会发展为宫颈病变等。对于HPV16阳性的处理，首先要进行进一步检查。
如何评估病情严重程度
宫颈细胞学检查： 通过TCT（液基薄层细胞学检测）来查看宫颈细胞是否有异常改变。如果TCT结果正常，那可能只是单纯的HPV16感染，后续需密切观察；如果TCT结果异常，比如提示低度鳞状上皮内病变（LSIL）及以上，那就需要进一步做阴道镜检查。阴道镜检查： 医生会通过阴道镜观察宫颈病变情况，必要时在病变部位取活检，通过病理检查来明确是否已经发生宫颈病变，比如是否有宫颈上皮内瘤变（CIN）等情况。
非药物的干预措施
增强免疫力： 要保证充足的睡眠，一般建议成年人每天睡眠7~8小时左右，让身体处于良好的状态来帮助自身免疫系统清除HPV病毒。同时要均衡饮食，多摄入富含维生素、蛋白质的食物，像新鲜的蔬菜（如西兰花、胡萝卜等）、水果（如苹果、橙子等）以及优质蛋白类食物（如鸡蛋、牛奶、鱼肉等）。避免不良生活习惯： 要戒烟限酒，吸烟会影响免疫系统功能，不利于HPV病毒的清除，男性每天吸烟最好不超过10支，女性也应尽量避免吸烟；过量饮酒也会削弱免疫力，建议男性每天饮酒酒精量不超过25克，女性不超过15克。
出现宫颈病变时的治疗
宫颈上皮内瘤变Ⅰ级（CINⅠ）： 多数可以自然消退，所以可以定期复查，一般建议每6个月复查一次HPV和TCT，观察病情变化。如果病变持续存在或发展为更高级别病变，再考虑进一步治疗。宫颈上皮内瘤变Ⅱ级（CINⅡ）和Ⅲ级（CINⅢ）： 对于CINⅡ，可采用冷冻治疗、激光治疗等物理治疗方法，通过破坏病变组织来达到治疗目的；而CINⅢ通常需要行宫颈锥切术，如宫颈环形电切术（LEEP术）或冷刀锥切术等，切除病变组织，防止病情进一步发展为宫颈癌。