HPV16阳性的治疗需根据具体情况而定。若为一过性感染且无病变，可通过增强免疫力等观察等待；若引起宫颈病变，则需根据病变程度采取相应治疗措施。
一、无病变的一过性感染
部分免疫力正常人群感染HPV16后可自行清除，一般无需特殊治疗，需定期复查，通常建议6 - 12个月复查一次HPV及宫颈细胞学等，在此期间要保持健康生活方式，如均衡饮食、适量运动以提高免疫力。
二、引起低级别宫颈病变
对于低级别宫颈上皮内瘤变等情况，可采用物理治疗，如激光、冷冻等，通过破坏病变组织促进恢复，治疗后也需密切随访，观察病变有无进展等情况。
三、引起高级别宫颈病变
当出现高级别宫颈上皮内瘤变时，可能需要进行宫颈锥切术等手术治疗，切除病变组织，术后同样要定期复查，关注宫颈情况。
四、特殊人群注意事项
育龄女性发现HPV16阳性需重视，怀孕女性感染HPV16要咨询医生，因为孕期免疫力变化等可能影响病情发展，医生会根据具体孕周等情况综合评估处理；老年女性感染HPV16也不能忽视，要积极检查排除病变可能，因为随着年龄增长，机体免疫力下降等因素影响病变发展。