自然流产后是否干净可以通过以下几种方法判断：
1.观察出血情况：自然流产后通常会有阴道流血，一般持续7~10天。如果出血量逐渐减少并停止，说明流产干净。如果出血量持续增多或时间过长，可能存在残留组织。
2.腹痛情况：流产后可能会有轻微腹痛，但通常会逐渐减轻。如果腹痛持续加重或伴有发热，可能是感染或残留组织引起的。
3.检查B超：B超是判断流产是否干净的最准确方法。通过B超可以观察子宫内是否有残留组织、孕囊是否完全排出等。
4.检测HCG：流产后HCG水平会逐渐下降。如果HCG水平持续不降或下降缓慢，可能存在残留组织。
需要注意的是，以上方法仅供参考，最终确诊需要依靠医生的检查。如果自然流产后出现异常情况，如出血过多、腹痛剧烈等，应及时就医，进行详细的检查和治疗。此外，自然流产后需要注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持外阴清洁，避免感染。同时，应注意观察身体变化，如有异常应及时就医。如果有再次怀孕的计划，建议在流产后至少等待3~6个月，让身体充分恢复。