慢性肾功能衰竭的主要病因是各种原因引起的慢性肾脏结构和功能障碍（肾脏损伤病史>3个月），包括GFR正常和不正常的病理损伤、血液或尿液成分异常及影像学检查异常，或不明原因的GFR下降（<60ml/min·1.73m2）超过3个月。具体病因如下：
1.原发性肾小球肾炎：如急、慢性肾小球肾炎，IgA肾病，急进性肾小球肾炎，膜增殖性肾小球肾炎，局灶节段性肾小球硬化，系膜增殖性肾小球肾炎，新月体性肾小球肾炎，局灶或节段性肾小球硬化等。
2.继发性肾小球肾炎：狼疮性肾炎，紫癜性肾炎，糖尿病肾病，高血压肾病，痛风性肾病，梗阻性肾病等。
3.肾小管间质疾病：慢性肾盂肾炎，慢性间质性肾炎，肾小管酸中毒，范可尼综合征等。
4.肾血管疾病：肾小动脉硬化症，肾动脉狭窄，血栓栓塞性肾动脉炎等。
5.遗传性肾病：多囊肾，遗传性肾炎等。
6.其他：如系统性红斑狼疮，过敏性紫癜，高尿酸血症，心力衰竭，贫血，肝硬化，中毒，药物性肾损害等。
治疗方法如下：
1.病因治疗：积极治疗原发病，如控制高血压、糖尿病等。
2.饮食治疗：根据病情给予适当的饮食限制，如低盐、低脂、优质低蛋白饮食等。
3.对症治疗：如纠正贫血、酸中毒、电解质紊乱等。
4.替代治疗：如透析（血液透析、腹膜透析）和肾移植。
患者在治疗期间需要注意休息，避免劳累和感染，同时要注意饮食，避免食用高盐、高脂、高蛋白食物，可适当食用富含维生素和矿物质的食物。