3岁半宝宝身高90cm属于矮小症，需要及时就医，明确原因，并进行针对性治疗。以下是一些可能的治疗方法：
1.营养均衡：保证宝宝摄入足够的营养，包括蛋白质、维生素、矿物质等。
2.适当运动：适量的运动可以促进宝宝的生长发育。
3.睡眠充足：保证宝宝有足够的睡眠时间，有助于生长激素的分泌。
4.定期体检：定期带宝宝进行体检，监测身高、体重等生长发育指标。
5.药物治疗：如果宝宝是由于生长激素缺乏或其他原因导致的矮小症，可能需要进行药物治疗。
6.其他治疗：如病因治疗、中医治疗等。
需要注意的是，每个宝宝的情况都不同，治疗方法应根据具体情况而定。家长应在医生的指导下，选择适合宝宝的治疗方法。同时，家长也应关注宝宝的心理健康，给予宝宝足够的关爱和支持。