肾结石形成主要与代谢、饮食、疾病等多方面因素有关。一般来说，尿液中某些物质浓度过高，析出结晶就可能逐渐形成肾结石。比如尿液中钙、草酸、尿酸等成分排出量增加，就容易长结石。
代谢异常相关因素
尿液成分改变： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质含量过高时，就容易形成结晶。例如，尿液中钙浓度升高，超过了尿液的溶解度，钙就会以结晶形式析出，长期积累可能形成肾结石。正常情况下，尿液中各种成分处于平衡状态，一旦平衡被打破，就容易引发结石。尿量过少： 人体每天需要排出一定量的尿液来排出代谢废物，如果尿量过少，尿液中有害物质的浓度就会升高，更容易形成结石。一般建议每天饮水量应达到2000 - 3000毫升以上，尿量少于1000毫升时，结石形成风险会增加。
饮食相关因素
高草酸食物摄入过多： 像菠菜、甜菜、巧克力、坚果等食物中草酸含量较高。如果长期大量食用这些高草酸食物，体内草酸摄入过多，而肾脏要排出多余草酸，就可能导致草酸在肾脏内沉积形成结石。比如每天大量吃菠菜，就会使尿液中草酸浓度明显升高。高嘌呤食物摄入过多： 动物内脏、海鲜、肉汤等属于高嘌呤食物。嘌呤代谢的最终产物是尿酸，长期大量摄入高嘌呤食物会使尿酸生成增多，如果尿酸排出不畅，就会在肾脏内形成尿酸结石。例如长期频繁吃动物内脏，就可能增加尿酸结石的形成几率。
疾病相关因素
尿路感染： 泌尿系统发生感染时，细菌、脓块等会作为核心，使尿液中的矿物质围绕其沉积，从而形成结石。比如患有膀胱炎、肾盂肾炎等泌尿系统感染疾病时，就容易并发肾结石。甲状旁腺功能亢进： 甲状旁腺功能亢进会导致血钙升高，进而使尿钙排出增加，增加了肾结石形成的风险。甲状旁腺功能亢进患者体内甲状旁腺素分泌异常，影响了钙的代谢平衡，使得尿液中钙含量增多。