五子衍宗丸与金匮肾气丸都是常见的补肾中成药，但它们的功效与作用有所不同，适用人群也不同，因此无法直接比较哪个更好。患者应在医生的指导下，根据具体的病情和体质来选择合适的药物。
五子衍宗丸具有补肾益精的功效，主要用于治疗肾虚精亏所致的阳痿不育、遗精早泄、腰痛、尿后余沥等症。该药的不良反应尚不明确，但孕妇慎服。
金匮肾气丸则具有温补肾阳、化气行水的功效，主要用于治疗肾虚水肿、腰膝酸软、小便不利、畏寒肢冷等症。该药的副作用和禁忌人群尚不明确，但孕妇忌服，忌房欲，气恼。另外，服用金匮肾气丸期间，应避免食用不易消化的食物。