结石的形成原因较为复杂，不同类型结石成因有所差异。以肾结石为例，通常是多种因素共同作用导致，比如尿液中某些成分浓度过高，超过了其在尿液中的溶解度，就容易析出形成结晶，进而发展为结石。一般来说，尿液中钙、草酸、尿酸等物质代谢异常是引发肾结石的常见原因之一。
代谢异常引发结石
尿液中钙含量过高： 当人体钙代谢出现紊乱时，尿液中钙的排泄量会增加。例如，一些患有原发性甲状旁腺功能亢进的患者，甲状旁腺激素分泌异常，会导致骨钙大量释放，使血钙升高，进而尿液中的钙含量也随之升高，超过尿液的饱和度后，就容易形成含钙的结石。草酸代谢异常： 体内草酸产生过多或排泄减少都会引起草酸代谢异常。比如，长期大量食用富含草酸的食物，像菠菜、苋菜、巧克力等，会使体内草酸摄入过多，肾脏排泄草酸增加，当尿液中草酸浓度过高时，就容易与钙结合形成草酸钙结石。
局部因素导致结石
尿路梗阻： 尿路存在梗阻情况时，尿液排出受阻，尿液在局部潴留，会使尿液中的一些成分浓缩，晶体容易沉积，从而增加结石形成的风险。比如输尿管狭窄、前列腺增生等疾病，都可能引起尿路梗阻，进而引发结石。尿路感染： 细菌、病毒等病原体在尿路中生长繁殖时，会参与结石的形成过程。一方面，细菌等微生物可以作为结石形成的核心，促使晶体附着沉积；另一方面，感染会改变尿液的酸碱度等环境，影响结石成分的溶解度，导致结石更容易形成。
生活方式相关因素
饮水不足： 日常饮水过少会使尿液浓缩，尿液中各种溶质的浓度升高，晶体更容易析出。一般建议每天饮水量应保持在2000 - 3000毫升以上，若饮水不足，就增加了结石形成的几率。缺乏运动： 长期缺乏运动的人，身体的新陈代谢减缓，尿液中一些物质的排泄可能会受到影响。而且，运动减少会导致骨骼中的钙流失相对增加，也可能间接影响尿液中钙的代谢，增加结石形成的可能性。