HPV39阳性时是否可以同房，需要根据具体情况来判断。一般来说，如果HPV39阳性没有引起明显的症状或病变，且医生认为可以同房，那么是可以的。但如果存在以下情况，建议暂时不要同房：
1.存在明显的疣体或病变：HPV感染后可能会引起尖锐湿疣等病变，如果疣体较大或存在较多的病变，同房可能会导致病变扩散或传染给性伴侣。
2.免疫功能低下：HPV感染的清除与免疫功能密切相关，如果本身免疫功能低下，如患有艾滋病、使用免疫抑制剂等，感染HPV的风险会增加，也不建议同房。
3.治疗期间：如果正在接受HPV感染的治疗，如药物治疗、物理治疗或免疫治疗，同房可能会影响治疗效果或导致病情加重，需要遵循医生的建议。
在决定是否同房时，建议咨询医生的意见。医生会根据具体情况进行评估，并给出个性化的建议。此外，还需要注意以下几点：
1.保护措施：使用安全套可以减少HPV的传播风险，但并不能完全避免。
2.定期复查：无论是否同房，都需要定期进行HPV检测和宫颈涂片检查，以及时发现病情的变化。
3.注意个人卫生：保持外阴清洁，避免不洁性行为。
4.增强免疫力：保持良好的生活习惯，均衡饮食、适量运动、充足睡眠，有助于提高免疫力，促进HPV感染的清除。
总之，HPV39阳性时是否可以同房需要综合考虑多种因素，最好在医生的指导下做出决策。同时，及时就医、积极治疗、注意个人卫生和增强免疫力也是预防HPV感染和相关疾病的重要措施。