怀孕50天做阴超可能会对胎儿产生一定影响，但这种影响的概率较小。阴超是一种通过阴道进行的超声检查，与腹部B超相比，它可以提供更清晰的图像，更准确地观察孕囊、胎芽和胎心搏动情况。
在怀孕50天时，孕囊较小，通过阴超可以更清楚地看到孕囊的位置和形态，从而判断是否为宫内妊娠。此外，阴超还可以测量孕囊的大小、胎芽的长度和胎心搏动情况，有助于评估胎儿的发育情况。
虽然阴超在诊断和监测妊娠方面具有一定优势，但也存在一些潜在的风险。在操作过程中，如果探头施加的压力过大或时间过长，可能会导致子宫收缩，引起孕妇腹痛、阴道流血等不适症状。此外，如果孕妇存在宫颈疾病、阴道炎等，阴超可能会加重这些疾病的病情。
因此，在怀孕50天时是否选择阴超检查，需要医生根据孕妇的具体情况进行综合评估。如果孕妇没有阴道出血、腹痛等异常情况，且孕囊位置正常，医生可能会建议选择腹部B超。如果孕妇存在阴道出血、腹痛等异常情况，或孕囊位置异常，需要更详细地了解胎儿情况，阴超可能是更好的选择。
在进行阴超检查时，孕妇应放松心情，配合医生的操作。如果检查过程中出现任何不适症状，应及时告知医生。此外，孕妇在孕期应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的心态，定期进行产前检查，以确保胎儿的健康发育。