怀孕50天做阴超一般不会有明显危害，但需关注个体差异等情况。
正常操作下的安全性
通常规范的阴超检查在怀孕50天进行是相对安全的，它能清晰观察胚胎情况，一般不会对孕妇和胚胎造成不良影响，因为阴超探头轻柔操作且有严格的消毒等规范流程。
特殊体质孕妇需谨慎
对于有阴道炎症等特殊情况的孕妇，做阴超可能增加感染风险，因为炎症存在时阴道环境相对脆弱，阴超操作可能引发炎症扩散等情况，所以这类孕妇检查前需告知医生自身情况，医生会综合评估是否进行。
胚胎自身情况影响
如果胚胎发育极不稳定，存在先兆流产迹象等情况，做阴超时的轻微刺激可能会加重流产倾向，但这种情况相对较少见，且医生会根据具体情况谨慎操作。
对检查结果的影响
阴超检查在怀孕50天能较好地显示胚胎的位置、胎心胎芽等情况，有助于准确评估妊娠状况，为后续孕期管理提供准确依据，从这方面来说是有积极意义的，能让医生及时了解妊娠相关关键信息来保障孕期健康。