吞咽时耳朵疼可能是由于以下原因引起的：
1.耳部疾病：如外耳道炎、中耳炎等，炎症可导致耳部疼痛，当吞咽时，耳部肌肉运动，刺激炎症部位，引起疼痛加重。
2.咽喉疾病：急性咽炎、扁桃体炎等咽喉部疾病也可能导致吞咽时耳朵疼，这是因为咽喉部和耳部通过咽鼓管相连，炎症可波及咽鼓管，导致耳部疼痛。
3.神经痛：三叉神经痛、舌咽神经痛等神经痛也可表现为吞咽时耳朵疼。
4.其他原因：颞下颌关节紊乱、茎突过长等也可能导致吞咽时耳朵疼。
具体病因需要通过详细的临床检查和诊断来确定。治疗方法因病因而异，可能包括药物治疗、物理治疗、手术治疗等。建议及时就医，以便明确诊断并采取适当的治疗措施。
在治疗期间，患者需要注意休息，避免食用辛辣、刺激性食物，保持口腔清洁，多喝水。