肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿引起的，据临床统计，约有80%的肛瘘是因肛管直肠周围脓肿自行破溃或切开引流后发展而来的。
肛周感染因素
肛腺感染： 肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受损伤及细菌的侵入，引发感染。感染可蔓延至肛腺，导致肛腺炎，炎症进一步向肛管直肠周围间隙扩散，形成脓肿，脓肿破溃后就可能发展为肛瘘。比如，长期久坐、不注意肛门局部卫生的人，肛窦更容易被粪便等污染物堵塞，增加肛腺感染风险。直肠肛管损伤： 外伤、吞咽异物或肛门直肠手术等都可能造成直肠肛管损伤，从而使细菌侵入伤口引发感染。例如，做肛门直肠手术时，如果操作不当损伤了肛管直肠组织，术后若护理不当，就容易引起感染，进而形成肛瘘。
特异性炎症影响
结核性肛瘘： 由结核杆菌感染引起。结核杆菌可侵犯肛管直肠，导致局部出现特异性炎症，形成脓肿，脓肿破溃后形成肛瘘。这类肛瘘的特点是病程相对较长，愈合比较困难，且常伴有低热、盗汗、乏力等全身结核中毒症状。克罗恩病性肛瘘： 克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及肠道各部位。当累及肛管直肠时，会引起肠道炎症、溃疡，进而导致肛瘘形成。患者除了有肛瘘表现外，还会出现腹痛、腹泻、体重下降等肠道克罗恩病的相关症状。
其他因素
溃疡性结肠炎： 溃疡性结肠炎是一种慢性非特异性肠道炎症性疾病，病变主要局限于大肠黏膜及黏膜下层。如果病变累及肛管直肠，炎症可能会蔓延至肛周，引发肛瘘。患者通常有反复发作的腹泻、黏液脓血便、腹痛等症状，同时肛瘘也会反复不愈。直肠肛管恶性肿瘤： 直肠肛管的恶性肿瘤生长到一定程度时，可能会发生坏死、破溃，进而感染周围组织，形成肛瘘。这类肛瘘往往伴有大便习惯改变、便血、肛门局部肿物等恶性肿瘤的表现，需要及时进行相关检查以明确诊断。