肛瘘主要是由肛周脓肿发展而来的，约50%的肛瘘患者是因肛周脓肿未得到有效治疗演变而成。据统计，肛周脓肿患者中约有四成会发展为肛瘘。
肛周脓肿未及时处理
肛周感染蔓延： 肛门腺感染是引发肛周脓肿进而形成肛瘘的常见原因。肛门腺开口于肛窦，当肛窦受损伤，如粪便擦伤、细菌入侵等，就会引起肛门腺感染，感染蔓延形成脓肿，若脓肿未得到妥善处理，就可能发展为肛瘘。免疫力低下影响： 当人体免疫力较低时，比如长期患有糖尿病等慢性疾病，或者长期服用免疫抑制剂的人群，肛周感染后脓肿更容易迁延不愈，增加发展成肛瘘的风险。
直肠肛门损伤
外伤因素： 比如会阴部受外力撞击、肛门指检操作不当等，导致直肠肛门部位受伤，细菌容易侵入受伤部位，引发感染，进而可能形成肛瘘。医源性损伤： 在肛肠手术过程中，如果操作不当，比如肛瘘手术时处理不当，或者直肠镜检查等医疗操作损伤到肛管直肠部位，也有可能引起感染，从而导致肛瘘的形成。
其他疾病影响
克罗恩病： 这是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及肠道各部位。当累及肛周时，会引起肠道黏膜溃疡、脓肿等病变，最终可能形成肛瘘。据相关研究，克罗恩病患者中约有10% - 20%会并发肛瘘。溃疡性结肠炎： 该疾病主要累及直肠和结肠黏膜，病情严重时炎症可累及肛周，导致肛周脓肿、肛瘘等并发症。溃疡性结肠炎患者出现肛瘘的概率相对也不低，需要关注肠道炎症对肛周的影响。