三个月宝宝流鼻涕，可采取以下方法处理。
1.清理鼻腔：使用生理性海盐水滴鼻或喷鼻，软化、稀释鼻涕后，使用吸鼻器吸出鼻涕，以保持鼻腔通畅。
2.注意保暖：根据环境温度及时增减衣物，避免宝宝再次着凉。
3.调整饮食：如果是母乳喂养，妈妈应注意饮食清淡，避免食用辛辣、油腻、生冷等刺激性食物。
4.保持室内湿度：使用加湿器增加室内湿度，有助于缓解宝宝的流鼻涕症状。
5.多喝温水：多喝水可以促进新陈代谢，有助于缓解流鼻涕的症状。
6.就医治疗：如果宝宝流鼻涕的症状持续时间较长、伴有咳嗽、发热等症状，或者精神状态不佳，应及时就医，在医生的指导下进行治疗。
需要注意的是，三个月以下的宝宝出现流鼻涕的症状，建议及时就医，以排除其他潜在的疾病。同时，在处理宝宝流鼻涕的问题时，应避免使用成人的滴鼻剂或喷鼻剂，以免引起不良反应。