三个月宝宝流鼻涕，可能是感冒、过敏、鼻腔异物等原因引起的，可以通过以下方式进行处理，建议及时就医。具体分析如下：
1.感冒：如果宝宝除了流鼻涕，还伴有咳嗽、发热等症状，可能是感冒引起的。可以用温热的湿毛巾轻轻擦拭宝宝的鼻子，帮助清理鼻涕。同时，要注意给宝宝保暖，保持室内空气流通。
2.过敏：如果宝宝是过敏体质，接触到过敏原后可能会出现流鼻涕、打喷嚏等症状。要尽量避免宝宝接触过敏原，如花粉、尘螨等。同时，可以在医生的指导下使用抗过敏药物。
3.鼻腔异物：如果宝宝的鼻腔中有异物，也可能会导致流鼻涕。可以用生理性海盐水滴鼻，软化鼻屎，然后用吸鼻器吸出。
需要注意的是，三个月的宝宝年龄较小，身体抵抗力较弱，如果流鼻涕的症状持续时间较长或伴有其他异常症状，建议及时就医，以免延误病情。同时，在治疗期间，要注意给宝宝保暖，避免再次着凉。