肚子疼在医学上称为腹痛，大便时肚子疼可能是以下原因引起：
1.胃肠道疾病：
炎症性肠病：如溃疡性结肠炎、克罗恩病，可导致肠道黏膜炎症、溃疡，进而引起腹痛。
肠易激综合征：是一种常见的功能性肠病，主要表现为腹痛、腹胀、腹泻或便秘等症状。
肠道感染：如病毒、细菌、寄生虫感染，可引起肠道炎症，导致腹痛和腹泻。
其他：如肠梗阻、肠痉挛、肠套叠等，也可引起腹痛。
2.肝胆胰疾病：
胆囊炎、胆结石：炎症或结石可刺激胆囊和胆管，引起右上腹疼痛，并可放射至右肩部。
胰腺炎：胰腺炎症可导致上腹部疼痛，常伴有恶心、呕吐等症状。
3.泌尿系统疾病：
膀胱炎、尿道炎：炎症可刺激膀胱和尿道，引起下腹部疼痛，伴有尿频、尿急、尿痛等症状。
泌尿系统结石：如肾结石、输尿管结石，可引起腰部或下腹部疼痛，伴有血尿等症状。
4.妇科疾病：
盆腔炎、附件炎：女性盆腔炎症可导致下腹疼痛，伴有白带异常等症状。
子宫内膜异位症：异位的子宫内膜可引起下腹疼痛，痛经等症状。
5.其他：
腹肌劳损：剧烈运动或长时间保持同一姿势，可导致腹肌劳损，引起腹痛。
心理因素：焦虑、紧张等心理因素也可能引起腹痛。
总之，大便时肚子疼的原因较多，需要结合具体症状、体征及相关检查，如大便常规、肠镜、腹部超声等，以明确病因，并进行针对性治疗。同时，在日常生活中，应注意饮食卫生，保持良好的生活习惯，避免过度劳累和精神紧张。如果腹痛持续不缓解或伴有其他严重症状，应及时就医。