2岁宝宝发烧反复39℃，可能是感染、免疫系统问题、炎症等原因引起的，可以通过物理降温、药物治疗、及时就医等方式进行处理，建议及时就医。具体分析如下：
1.感染：如病毒、细菌、支原体等感染，可能导致宝宝发烧。如果宝宝除了发烧，还伴有咳嗽、流鼻涕、喉咙痛等症状，可能是感染引起的。
2.免疫系统问题：宝宝的免疫系统尚未完全发育成熟，可能会出现自身免疫性疾病或免疫缺陷等问题，导致发烧反复。
3.炎症：某些炎症性疾病，如肺炎、扁桃体炎、中耳炎等，也可能引起发烧反复。
4.其他原因：药物过敏、恶性肿瘤、中暑、接种疫苗后等也可能导致宝宝发烧。
在处理宝宝发烧时，家长可以采取以下措施：
1.物理降温：用温水擦拭宝宝的额头、颈部、腋窝、腹股沟等部位，或使用退热贴。
2.药物治疗：如果宝宝体温超过38.5℃，可以在医生的指导下使用退烧药，如布洛芬或对乙酰氨基酚。
3.及时就医：如果宝宝发烧反复，或伴有其他症状，如精神萎靡、呼吸急促、抽搐等，应及时就医，进行详细的检查和治疗。
此外，在治疗期间，家长需要注意给宝宝多喝水，保持室内空气流通，注意宝宝的饮食和休息。同时，避免给宝宝穿过多的衣物，以免影响散热。如果宝宝的症状持续不缓解或加重，应及时就医。