2岁宝宝发烧反复39°C可能是感染、免疫系统问题、血液疾病等原因所致，可以通过物理降温、药物治疗、及时就医等方式进行处理，建议及时就医。具体分析如下：
1.感染：是导致宝宝发烧最常见的原因，如呼吸道感染、消化道感染等。细菌、病毒、支原体等感染都可能引起宝宝发烧。
2.免疫系统问题：宝宝的免疫系统尚未完全发育成熟，可能会出现自身免疫性疾病或免疫缺陷等问题，导致反复发烧。
3.血液疾病：某些血液疾病，如白血病、再生障碍性贫血等，也可能引起宝宝发烧。
4.其他：除了上述原因外，宝宝发烧还可能与其他因素有关，如药物过敏、恶性肿瘤等。
患者在治疗期间需要注意保持宝宝的水分摄入，可适当食用富含维生素C、E的食物，如橙子、猕猴桃、草莓等，避免食用辛辣、油腻、刺激性的食物，如辣椒、油炸食品、冰淇淋等。