头孢属于β-内酰胺类抗生素，通过抑制细菌细胞壁合成发挥抗菌作用；红霉素属于大环内酯类抗生素，主要是抑制细菌蛋白质合成来抗菌。
抗菌谱方面
头孢抗菌谱较广，对革兰阳性菌、部分革兰阴性菌都有作用；红霉素对革兰阳性菌的金黄色葡萄球菌、链球菌等以及部分革兰阴性菌有抗菌活性，对支原体、衣原体等非典型病原体也有一定作用。
药代动力学差异
头孢类药物的药代动力学因具体品种而异，有的半衰期较短，有的可通过不同途径代谢；红霉素口服吸收有一定特点，且在体内分布有其特性，部分可透过细胞膜等。
不良反应有别
头孢类不良反应相对多样，可能有胃肠道反应、过敏反应等；红霉素常见胃肠道反应，如恶心、呕吐等，也可能有肝毒性等情况，不同个体对两者不良反应的耐受不同。
应用注意事项
使用头孢时需注意是否有过敏史等情况；使用红霉素时要关注胃肠道等方面的反应，特殊人群如儿童、孕妇等使用时要谨慎权衡利弊，因为不同人群对药物的耐受和代谢等情况不同，需综合考虑以保障用药安全。