睡觉起来肩颈酸痛可能由多种疾病导致，常见的有以下几种：
1.颈椎病：颈椎间盘退行性改变可导致颈部肌肉紧张、疼痛，甚至上肢麻木、无力等症状。长期低头工作、使用电子设备、睡眠姿势不良等都可能增加颈椎病的发病风险。
2.肩周炎：肩周炎又称五十肩，是以肩关节疼痛和活动受限为主要症状的疾病。常发生在50岁左右的人群，可能与肩部软组织退行性改变、长期过度活动、姿势不良等有关。
3.颈部肌肉劳损：长时间保持同一姿势、颈部肌肉过度紧张或受到外力牵拉等，都可能导致颈部肌肉劳损，引起酸痛、僵硬等症状。
4.强直性脊柱炎：这是一种自身免疫性疾病，可累及脊柱及周围关节，导致疼痛、僵硬等症状。早期可能表现为夜间或晨起时的腰背部疼痛、发僵，活动后可缓解。
5.其他：胸廓出口综合征、心脏疾病、肺部疾病等也可能引起肩颈疼痛。
如果肩颈酸痛症状持续不缓解或加重，建议及时就医，进行详细的检查，如X线、CT、磁共振成像等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，日常生活中应注意保持良好的姿势，避免长时间低头或仰头，适当进行颈部运动，缓解颈部肌肉紧张。