儿童乙型脑炎通常起病急，体温在数小时至1-2天内升高至39-40℃以上，伴有头痛、呕吐等症状。
初期症状表现
发热情况： 多数患儿起病时体温迅速上升，可在1-2天内达到高热状态，体温多持续在39℃及以上，且发热程度往往较高，持续时间也较长。全身不适： 患儿会感觉全身乏力、精神萎靡，还可能出现食欲减退的情况，有些孩子会说头痛，这是因为脑部炎症刺激导致颅内压有一定变化。
极期症状表现
高热持续： 体温可高达40℃以上，且持续不退，这种高热状态会持续数天甚至更久。意识障碍： 患儿可能出现不同程度的意识改变，如嗜睡、昏睡，严重的会陷入昏迷。意识障碍的程度可以从轻度的对周围环境反应迟钝，到深度昏迷。抽搐： 部分患儿会发生抽搐，可表现为局部肌肉抽搐，如面部肌肉抽动，也可能出现全身性抽搐，表现为四肢强直、角弓反张等。抽搐发作时患儿双眼上翻、牙关紧闭，可能会持续数分钟甚至更长时间。呼吸衰竭： 这是乙脑较严重的症状之一，患儿可能出现呼吸节律不规则，如呼吸快慢不一、深浅不均，严重时可出现呼吸暂停等情况。由于脑部病变影响呼吸中枢，导致呼吸功能受到抑制。
恢复期症状表现
体温下降： 经过积极治疗，患儿的体温会逐渐下降，一般经过1-3周左右，体温可恢复正常。神经系统症状改善： 在体温下降的同时，之前出现的意识障碍、抽搐等神经系统症状会逐渐减轻。比如意识逐渐清醒，抽搐发作次数减少甚至不再发作。但部分患儿可能会遗留一些后遗症，如精神行为异常、肢体瘫痪、智力减退等，不过经过康复治疗，部分症状可能会有所改善，但完全恢复正常可能需要较长时间。
后遗症相关情况
精神行为问题： 有些患儿可能会出现性格改变，比如变得烦躁、易怒，或者出现记忆力减退、注意力不集中等情况。肢体运动障碍： 部分患儿会有肢体瘫痪的情况，常见的是单侧或双侧肢体活动不灵，严重的可能无法行走。智力障碍： 少数患儿会出现不同程度的智力减退，表现为学习能力下降、理解能力差等。不过并不是所有患儿都会留下后遗症，及时有效的治疗可以降低后遗症的发生风险。