治疗口腔粘膜病的药物有多种，比如糖皮质激素类药物常用于治疗一些免疫性口腔粘膜病。以地塞米松为例，它可以减轻炎症反应，但一般不长期大量全身使用，儿童使用需谨慎，可能影响生长发育等。
一、抗炎类药物
肾上腺皮质激素类药物： 像泼尼松，具有强大的抗炎作用，能抑制免疫反应。不过长期使用可能会引起向心性肥胖、骨质疏松等副作用，老年人使用时要注意监测骨密度等情况，儿童使用需严格在医生指导下，因为可能影响其生长激素分泌。非甾体抗炎药： 例如阿司匹林，可用于缓解口腔粘膜病引起的疼痛和炎症，但有胃肠道刺激作用，有胃溃疡病史的患者要避免使用，儿童患病毒感染性疾病时使用阿司匹林可能会引发瑞氏综合征，所以儿童需慎用。
二、抗菌类药物
抗生素： 如果口腔粘膜病是细菌感染引起，比如球菌性口炎，可能会用到青霉素类抗生素，如青霉素G，但使用前需要做皮试，有青霉素过敏史的人绝对不能用。还有头孢菌素类，如头孢拉定，对多种细菌有抗菌作用，但也可能引起过敏反应，肝肾功能不全者要调整剂量。抗真菌药物： 当口腔粘膜病是真菌感染，像念珠菌性口炎，会用到制霉菌素，可局部涂布，新生儿使用时要注意药物是否会被误吸等情况，孕妇使用抗真菌药物也需要权衡利弊。
三、促进愈合类药物
表皮生长因子类药物： 比如重组人表皮生长因子凝胶，能促进口腔粘膜细胞的增殖、迁移，加快溃疡等病变的愈合。一般局部涂抹在病损处即可，使用时要注意保持用药部位清洁，儿童使用时要防止误服。维生素类药物： 维生素B2缺乏可能导致口腔粘膜炎症，补充维生素B2可以帮助预防和辅助治疗相关口腔粘膜病，成人每天推荐摄入量约1.2 - 1.5毫克，儿童根据年龄有所不同，通过饮食补充或者服用制剂，但过量服用维生素B2也可能有不良反应。