治疗口腔溃疡的药物有桂林西瓜霜、冰硼散、口腔溃疡散、西地碘含片、维生素C片、维生素B2片等。
1.桂林西瓜霜：由西瓜霜、硼砂、黄柏、黄连、山豆根、射干、浙贝母、青黛、冰片、无患子果、大黄、黄芩、甘草、薄荷脑等组成。具有清热解毒、消肿止痛的功效，用于治疗风热上攻、肺胃热盛所致的乳蛾、喉痹、口糜，症见咽喉肿痛、喉核肿大、口舌生疮、牙龈肿痛或出血；急、慢性咽炎，扁桃体炎，口腔炎，口腔溃疡，牙龈炎见上述证候者。
2.冰硼散：主要成分是冰片、硼砂、朱砂、玄明粉。为粉红色的粉末，味辛凉。具有清热解毒、消肿止痛的功效，用于热毒蕴结所致的咽喉疼痛、牙龈肿痛、口舌生疮。
3.口腔溃疡散：由青黛、白矾、冰片组成。具有消溃止痛的功效，用于复发性口腔溃疡，疱疹性口腔溃疡。
4.西地碘含片：主要活性成份为分子碘，每片含分子碘1.5毫克，辅料为蔗糖、西地脑、硬脂酸镁。对口腔黏膜疾病有治疗作用，用于慢性咽喉炎、口腔溃疡、慢性牙龈炎、牙周炎。
5.维生素C片：维生素C参与氨基酸代谢、神经递质的合成、胶原蛋白和组织细胞间质的合成，可降低毛细血管的通透性，加速血液的凝固，刺激凝血功能，促进铁在肠内吸收，促使血脂下降，增加对感染的抵抗力，参与解毒功能，且有抗组胺的作用及阻止致癌物质（亚硝胺）生成的作用。用于预防和治疗坏血病，也可用于各种急慢性传染性疾病及紫癜等辅助治疗。克山病患者发生心源性休克时，可用大剂量本品治疗。
6.维生素B2片：又叫核黄素，是人体必需的13种维生素之一，作为维生素B族中的一员，微溶于水，可溶于氯化钠溶液，易溶于稀的氢氧化钠溶液。在体内，维生素B2以黄素腺嘌呤二核苷酸（FAD）和黄素单核苷酸（FMN）的形式参与氧化还原反应，起到递氢的作用，是机体中一些重要的氧化还原酶的辅酶。当缺乏时，就会影响机体的生物氧化，使代谢发生障碍。其病变多表现为口、眼和外生殖器部位的炎症，如口角炎、唇炎、舌炎、眼结膜炎和阴囊炎等，故本品可用于上述疾病的防治。